熊本県による連続立体交差事業により平成27年3月、上熊本駅が完成した。駅舎のデザインは水戸岡鋭治氏が監修し、木材をふんだんに使用した「ぬくもり」が感じられる駅とした。また、熊本県･熊本市と共に「森の都･熊本」が感じられる駅となるよう共に検討を重ね、県産材の桧を防風スクリーンに、杉をホーム天井に使用した。