北陸新幹線建設(独立行政法人鉄道建設･運輸施設整備支援機構施工)に併せて、駅舎の橋上化及びバリアフリー化、糸魚川市自由通路新設を行なった。駅舎は旧市街の町並みと調和し、線路により分断されていた街をつなぐだけでなく、在来駅と新幹線駅、観光案内施設である「ヒスイ王国館」「鉄道展示施設」もつなぐ市民の方々に愛される公共空間を創出した。